رژیم غذایی، دارو و شرایط بالینی بیمار می‌توانند بر پروفایل اسیدهای آلی تأثیر بگذارند. مثلاً مصرف برخی داروها می‌تواند باعث تولید و دفع بیشتر اسیدهای آلی دارای اهمیت تشخیصی شود. همچنین، آلودگی نمونه می‌تواند منجر به یافته‌های غیرطبیعی شود. برای مثال، مواد لوبریکانت یا صابون‌ها می‌توانند سبب افزایش سطح گلیسرول شوند. اطلاعات بالینی، رژیم غذایی و داروهای مصرفی باید برای تفسیر نتایج کروماتوگرافی در نظر گرفته شوند.